Dinas Pekerjaan Umum dan Penataan Ruang Kabupaten Merauke dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 13 Tahun 2018 tentang Perubahan Atas Peraturan Daerah Nomor 7 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Merauke. Sedangkan tugas dan fungsinya diuraikan dalam Peraturan Bupati Merauke Nomor 94 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Pekerjaaan Umum dan Penataan Ruang, dengan struktur organisasi lengkap terdiri dari :

1. Kepala Dinas
2. Sekretaris, meliputi :

• Sub Bagian Program dan Pelaporan;
• Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
• Sub Bagian Keuangan dan Asset.

3. Bidang Pengelolaan Sumber Daya Air, terdiri dari :

• Seksi Perencanaan Teknis Sumber Daya Air;
• Seksi Pelaksanaan Sumber Daya Air;
• Seksi Operasi dan Pemeliharaan Sumber Daya Air.

4. Bidang Bina Marga :

• Seksi Perencanaan Teknis dan Evaluasi;
• Seksi Pembangunan Jalan dan Jembatan;
• Seksi Pemeliharaan Jalan dan Jembatan.

5. Bidang Cipta Karya, terdiri dari :

• Seksi Perencanaan dan Pengendalian;
• Seksi Pengembangan SPAM dan PLP;
• Seksi Penataan Bangunan.

6. Bidang Tata Ruang, terdiri dari :

• Seksi Pengaturan dan Pembinaan;
• Seksi Pengendalian;
• Seksi Penertiban.

7. Bidang Bina Konstruksi, terdiri dari :

• Seksi Pengaturan;
• Seksi Pemberdayaan;
• Seksi Pengawasan.

8. UPTD
9. Jabatan Fungsional

Struktur organisasi tersebut sampai dengan saat ini tidak memiliki Kelompok Jabatan Fungsional dan Unit Pelaksana Teknis Dinas yang mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas Pemerintah Daerah sesuai dengan keahlian dan kebutuhan.